Да су прогони Српске православне цркве, свештенства, монаштва, као и уништавање црквене имовине, трајала од завршетка Другог свјетског рата до деведесетих година прошлог вијека, може се видјети и по сачуваној документацији у архиви цркве Успења Пресвете Богородице у Чајничу, о октобарском нападу 1986. године на имовину манастира Света Тројица. Према сачуваним дописима достављеним пљеваљској полицији, 7. 8. и 9. октобра 1986. године, каменован је конак манастира Света Тројица. Том приликом уништен је дио кровног покривача и причињена штета у износу од 31 662 динара.
Каменовање је вршено три дана узастопно, у периоду од 14 до 16 часова, од стране тројице младића. Полиција је након поменутих напада привела младиће, што потврђује допис од 13. октобра исте године.
У црквеној архиви није сачувана документација по којој се може видјети јесу ли нападачи кажњени од тадашњих државних власти, као и ко су били младићи.
Манастир Света Тројица након Другог свјетског рата у више наврата био је мета напада. Посебно је ситуација била тешка у првим послератним годинама, када је прогоњено монаштво, уништавана и одузимана црквена имовина. Такве нападе најчешће су организовали и предводили представници Комунистичке партије Југославије, односно тадашњих власти.
